Управление учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Бюджетное учреждение возглавляет заведующий, прошедший соответствующую аттестацию, назначаемый на эту должность и освобождаемый от неё в установленном законодательством порядке. Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления МБДОУ ЦРР-Д/С 16, порядок принятия ими решений и выступления от имени учреждения устанавливаются Уставом в соответствии с законодательством Российской Федерации.